Mănăstirea cu Biserca Sf. Trei Ierarhi este considerată cea mai frumoasă ctitorie a domnului Ţării Moldovei, Vasile Lupu, şi în acelaşi timp o bijuterie arhitectonică a Iaşului. 

Mănăstirea a fost construită între anii 1637-1639,  fiind sfinţită de Mitropolitul Moldovei Varlaam la 6 mai 1639. Valoarea de unicat mondial este dată ornamentaţia exterioară, o broderie de piatră de la temelie până la cornişa ulucelor. Ornamentele exterioare, care acoperă edificiul în întregime şi care au fost iniţial aurite, combină elemente turceşti, arabe, georgiene, armene şi persiene cu motive arhitecturale româneşti într-o superbă dantelărie în piatră. Pot fi numărate peste 30 de registre de motive decorative, care nu se repetă. 

Pe partea de nord a pronaosului se află doua nişe care adăpostesc osemintele familiei domnitorului Vasile Lupu, iar în partea de sud sunt depuse osemintele domnitorilor Dimitrie Cantemir (1710-1711) şi Alexandru Ioan Cuza (1859-1866). Tot în această nişa au fost depuse în 1641 moaştele Sf.Cuvioase Parascheva, cu ziua de prăznuire 14 octombrie, iar din 1889 au fost mutate în Catedrala Mitropolitană.

La sfârşitul secolului al XIX-lea, biserica a fost restaurată din temelii, sub conducerea arhitectului André Lecomte du Nouy. Pictura, catapeteasma şi mobilierul din bronz masiv suflat cu aur au fost realizate pe cheltuiala regelui Carol I. Resfinţirea bisericii a avut loc in 1904. Istoricii consemneaza printre altele, doua momente importante din istoria mănăstirii: Sinodul interortodox de la Iaşi, din 1642, când au venit aici reprezentanţi ai principaleleor ramuri ale ortodoxiei, şi anul 1645 când a fost uns patriarhul Paisie al Ierusalimului, fost stareţ la Mănăstirea Galata. 

Tipografia instalată la Trei Ierarhi este considerată prima din Moldova. De sub teascurile tiparniţei a ieşit prima carte în limba română “Cartea românească de învaţătură sau Cazania” (1643), precum şi alte cărţi de referinţă pentru cultura română.

În 1821, din curtea Mănăstirii Trei Ierarhi s-a dat semnalul de eliberare a Greciei, prin vocea lui Alexandru Ipsilanti care a prezentat o Proclamaţie (28 februarie 1821) în care afirma obiectivele Eteriei, în lupta de eliberare a popoarelor din Balcani. 

Din 1997, în incinta mănăstirii a fost dezvelit bustul lui Mihai Eminescu care a locuit o vreme aici.

Hramul Bisericii este sărbătoarea “Sf. Trei Ierarhi: Vasile cel Mare, Grigore de Nazianz, Ioan Gura de Aur”, la 30 ianuarie.