Gândită şi ca loc de refugiu şi rezistenţă armată, Mănăstirea Cetăţuia a fost ridicata intre anii 1669 – 1672 de către domnitorul Gheorghe Duca. Din acest motiv zidul exterior are metereze iar în colţuri sunt amplasate turnuri.

În incintă se aflau chilii, bucătăria, stăreţia cu trapeza, pivniţe pentru vinul obţinut din podgoria proprie şi casa domnitorului cu baia turcească. În partea de sud se afla sala gotică „Anastasia Doamna” cu celebrele pivniţe de la Cetăţuia, despre care se spune că ar fi fost legate printr-un tunel de Curtea Domnească. Dar, potrivit istoricilor, aceasta este doar o legendă, iar specialiştii în construcţii spun ca ar fi fost imposibil de construit un asemenea tunel care ar fi trebuit sa traverseze, pe dedesubt, zona mlăştinoasă a Bahluiului, numită şi La broscărie.

Din punct de vedere al arhitecturii, Biserica Mănăstirii Cetăţuia este considerata de specialişti drept o copie sobră a Bisericii Trei Ierarhi, ctitorie a lui Vasile Lupu din 1639.

Înăuntru se afla mormântul domnitorului Gheorghe Duca, a fiicei sale, Doamna Maria, al fratelui, Saul, şi al fiului, Ioniţă.

În 1682 la Cetăţuia a luat fiinţă o tipografie unde au fost tipărite cărţi pentru bisericile din Orient. De funcţionarea tiparniţei se ocupau călugări care cunoşteau limba greceasca, sub supravegherea ieromonahului Mitrofan, care a ajuns apoi episcop de Huşi.

Muzeul Mănăstirii este o alta atracţie turistica, alături de turnul „Cina Pelerinului” din care se poate admira o panorama a Iaşului.

Hramul Mănăstirii este sărbătoarea Sf. Apostoli Petru şi Pavel, pe 29 iunie.